7.1 Сведения об изолятах и шаблон для загрузки данных в AMRcloud

Для загрузки данных в AMRcloud их необходимо сохранить в формате xlsx или csv (форматы файлов могут быть созданы в программе Excel).

Таблица содержит сведения о каждом изоляте и МПК (в мг/л) или диаметр зон подавления роста (в мм) для каждого изолята и антибиотика. При этом важно, чтобы названия антибиотиков были написаны на английском языке без ошибок.

Можно рекомендовать следующий шаблон для Excel-таблицы с МПК для 70 наиболее часто включаемых в программах мониторинга антибактериальных препаратов.

В шаблоне даны правильные названия антибиотиков, распознаваемые программой.

Названия некоторых полей указаны на английском языке, т.к. AMRcloud автоматически считывает эти названия при создании набора данных.

В таблице 11 представлены поля со сведениями об изолятах из шаблона Excel-таблицы. Заполнить информацию в этих полях целесообразно для более полноценного анализа полученных данных.

Таблица 11. Рекомендуемая структура таблицы для загрузки данных в AMRcloud

Название столбца Комментарий
Organism_Group Группа микроорганизмов, например, «Enterococcus» или «Salmonella»
Organism_Species Вид микроорганизма, например, Enterococcus faecalis. В случае, если точная информация о виде микроорганизма отсутствует, его в данном поле необходимо указывать как «Enterococcus spp.», для Salmonella entericа в случае отсутствия сведений о серотипе, следует указывать «Salmonella entericа». При этом необходимо учитывать, что при автоматической интерпретации данных по критериям микробиологической устойчивости EUCAST (EUCAST ECOFFs) в AMRcloud, количества антибиотиков, для которых интерпретация будет проведена, может значительно отличаться для вида/серотипа и рода/вида микроорганизма. Например, если указать изолят как «Salmonella Dublin, то будет определена устойчивость только к одному антибиотику, если тот же изолят Salmonella Dublin указать как «Salmonella entericа», то устойчивость будет определена уже для 47 антибиотиков, т.к. будут применены критерии общие для всех серотипов Salmonella entericа. Таким образом, для максимально полной интерпретации данных по сальмонеллам по критериям микробиологической устойчивости, целесообразно для всех изолятов в данном поле указывать «Salmonella enterica». Для энтерококков, стафилококков, стрептококков, необходимо указывать вид, для листерий критерии интерпретации EUCAST ECOFFs есть только для вида Listeria monocytogenes. Уточнить видо- и родо-специфические критерии микробиологической устойчивости можно на официальном сайте EUCAST [19] .
Unique_ID Уникальный порядковый номер изолята, например «1532».
Isolate_ID Порядковый номер изолята, для удобства в работе в нём могут быть зашифрованы какие-то сведения о нём, например «Efbroilertush2» — «Enterococcus faecalis, бройлеры, смыв с тушки, номер 2». Данное поле не является обязательным, для каждого изолята достаточно и уникального порядкого номера.
Date Дата в следующих форматах «2018–12-31», «2018–31-12», «31–12-2018», «12–31-2018».
Группа_животных Одна из следующих групп: птица, крупный рогатый скот, мелкий рогатый скот, свиньи, рыба и т.д.
Вид_животного Например, домашний гусь (Anser anser). Для разных видов животных устойчивость у одних и тех же бактерий может значительно отличаться, например, у кишечной палочки от индейки устойчивость к разным антибиотикам, как правило, выше, чем от кур.
Категория Например, для кур — цыплята бройлеры и куры несушки, для крупного и мелкого рогатого скота — мясной и молочный скот. Также могут быть категории молоди и взрослых животных, либо несколько категорий разного возраста, самцы и самки, порода животных и т.д. Все эти параметры также могут оказывать влияние на уровни устойчивости и, при наличии соответствующих данных, целесообразно учесть их при анализе. В данное поле также могут быть указаны сведения о том, применялись ли для животных антибиотики. Если информации много и нужна более тщательная её фильтрация, целесообразно создать дополнительное поле с информацией о животном, например, «Применение антибиотиков».
Тип_образца Один из следующих типов: Биоматериал животных, объекты внешней среды, пищевое сырьё/продукция, входящий материал (корм, подстилка).
Образец Конкретное указание типа материала, из которого был выделен изолят: фекалии, цекум, смыв, назальный смыв, смыв с тушки, смыв с убойной ленты, мясо, молоко и т.д.
Тип места отбора проб Один из следующих типов: хозяйство, убойный пункт, объект розничной торговли и т.д.
Место отбора проб При наличии такой информации и договорённости с предприятием о возможности могут быть указаны конкретные хозяйства, убойные пункты, объекты розничной торговли. Для крупных птицеводческих хозяйств можно указать конкретные цеха для того, чтобы отдельно анализировать данные по разным эпидемиологическим единицам. Например, ООО «Важная птица», цех №7.
Geo_Point Местонахождение отбора проб. Возможно указание как в виде точных координат, так и в виде ближайшего населённого пункта, области или региона. Например, «Шебекино, Белгородская область», «Ракитянский район, Белгородская область» или «Алтайский край».
Метод Данное поле необходимо, если были использованы различные протоколы выделения/определения чувствительности бактерий к антибиотикам. Например «Протокол EUCAST» или «Планшеты Sensititre»

Также в зависимости от задач исследований и наличия данных могут быть добавлены дополнительные поля со сведениями об изолятах. При загрузке данных AMRcloud позволяет выбрать для фильтрации 10 полей.

Изменено 15 января 2024