Это многостраничный вид для печати этого раздела. Нажмите здесь для печати.

Вернуться к обычному режиму просмотра.

3. Системы мониторинга и источники данных об антибиотикорезистентности зоонозных и индикаторных бактерий, выделяемых от животных

Устойчивость микроорганизмов к антибиотикам — это проблема мирового масштаба. С учётом распространения резистентных бактерий и генов устойчивости по всей планете, усугубляемого глобализацией, данная проблема даже в отдельно взятой стране не может быть полностью решена усилиями только этой страны. По этой причине данные, получаемые в исследованиях антибиотикорезистентности, представляют большую ценность не только на национальном, но и на международном уровне. Чем меньше на карте останется регионов, по которым отсутствуют данные, тем более эффективной будет разработка мер по борьбе с распространением устойчивости. Важно отметить, что планирование исследований антибиотикорезистентности следует осуществлять с использованием международно признанных принципов, подходов и методологии.

Исследования антибиотикорезистентности зоонозных и индикаторных бактерий, выделяемых от животных, проводят множество научных и контрольных институтов и лабораторий по всему миру. Результаты исследований публикуются в виде отчётов, баз данных и научных статей.

Большую роль в разработке международно признанных подходов и методологии проведения таких исследований играют Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ), Всемирная сельскохозяйственная и продовольственная организация (ФАО) и Всемирная организация здравоохранения животных (МЭБ).

Указанные организации разработали и продвигают подход «Единое здоровье», предполагающий координированные усилия разных стран в вопросах защиты здоровья человека, животных и окружающей среды с учётом их теснейшей связи.

В 2019 г. триумвират ВОЗ, ФАО и МЭБ выпустил «Трёхстороннее руководство, по борьбе с зоонозными заболевания на уровне государств». В этом документе звучит призыв к гармонизации усилий разных стран в анализе антибиотикорезистентности зоонозных бактерий прежде всего путём гармонизации методологии [1] .

По отношению к системе мониторинга антибиотикорезистентности бактерий, выделяемых от животных, страны мира можно разделить на 4 категории:

  • Страны, объединённые в союзы, которые проводят мониторинг устойчивости совместно и централизованно на уровне союза, объединяя данные из стран-участников (Пример — Евросоюз).
  • Страны, которые имеют национальную систему мониторинга, собирающую данные по всей стране (Пример — США).
  • Страны, не имеющие системы мониторинга, но активно осуществляющие разрозненные проекты и работы по исследованию устойчивости (Пример — Китай, Российская Федерация, Бразилия).
  • Страны, не имеющие на данный момент технической возможности проводить исследования антибиотикорезистентности бактерий от животных (Эти страны расположены главным образом в Африке, Азии, Латинской Америке).

3.1 Евросоюз

Евросоюз осуществляет мониторинг антибиотикорезистентности зоонозных и индикаторных бактерий, выделяемых от людей, животных и из продуктов питания. Данные, предоставляемые 28-ю странами-участниками Евросоюза, собирают и анализируют Европейское агентство по безопасности продуктов питания (EFSA, European Food Safety Authority) и Европейский центр профилактики и предотвращения заболеваний (ECDC, European Centre for Disease Prevention and Control).

ECDC и EFSA публикуют данные в виде ежегодных отчётов. Отчёт за текущий год содержит данные, полученные двумя-тремя годами ранее. Например, в 2022 году организации выпустили отчёт с данными 2019–2020 годов. Такая задержка во времени связана, по всей видимости, с трудоёмкостью анализа массивов данных, полученных в 28 разных странах.

В программу мониторинга входят Salmonella spp., E. coli, S. aureus (зоонозные бактерии) и E. coli (индикаторная бактерия). В разные годы бактерии выделяют от разных видов и категорий животных.

Отчёты ЕСDC/EFSA внушительны по объёму и тщательности проработки материала, содержат данные как по клинической, так и по микробиологической устойчивости, сведения о множественной резистентности бактерий, географическом распределении устойчивости, изменении её по годам, генах устойчивости и т.д. Все отчёты выложены в свободном доступе на официальном сайте ECDC [2] .

Также данные мониторинга устойчивости бактерий, выделяемых от животных в Евросоюзе, доступны в виде совместной базы данных ECDC/EFSA «Antimicrobial resistance in Europe» (Антибиотикорезистентность в Европе) [3] . Данные в базе соответствуют данным из отчетов, но они представлены в сокращенном виде. При использовании базы данных можно переключаться между разными годами, выбирать вид микроорганизма, объект, например, цыплята-бройлеры (раздел «животное») или мясо индейки (раздел «пищевая продукция»). Информация может быть представлена в двух вариантах: либо выбор антибиотика из списка — тогда будет графически отображена доля устойчивых к нему изолятов в разных странах Евросоюза, либо выбор страны из списка — тогда будет отображена доля устойчивых изолятов из этой страны к разным антибиотикам.

3.2 США

В США в рамках деятельности Управления по контролю продуктов питания и лекарственных средств (FDA, Food and Drug Administration) с 1996 г. работает Cистема национального мониторинга антибиотикорезистентности (NARMS, National System of Antimicrobial Monitoring Resistance), регулярно публикующая отчёты о бактериях, выделенных от убойных животных (свиней, коров, кур и индеек, полученном от них мясе из розничной торговли, а также сведения о бактериях, выделенных от людей. Акцент делается на наиболее актуальные для страны патогенные бактерии, возбудители пищевых токсикоинфекций: Salmonella spp., E.coli, Enterococcus spp. и Campylobacter spp. В качестве зоонозных бактерий рассматриваются Salmonella spp. и Campylobacter spp., а индикаторных — Enterococcus spp. и E.coli.

Все данные мониторинга устойчивости публикуются на официальном сайте FDA и наиболее удобны к просмотру в виде базы данных NARMS Now: Integrated Data (NARMS в настоящее время: объединённые данные) [4] , которая включает информацию по устойчивости изолятов с 90-х годов ХХ века.

База состоит из модулей, демонстрирующих устойчивость:

  • по годам;
  • множественную устойчивость;
  • распределение устойчивых изолятов в зависимости от географического расположения.

3.3 Китай

Китай является примером страны, в которой выполняются отдельные проекты (нередко масштабные) по оценке устойчивости микроорганизмов, выделяемых от животных, но при этом нет централизованной системы мониторинга. Например, несколькими китайскими научными институтами и лабораториями проведена работа с результатами анализа более 15000 изолятов E. coli от свиней и кур из разных провинций Китая за семилетний период [5] .

Данные подобных исследований публикуют в научных журналах (в платном, либо бесплатном доступе), или сайтах контролирующих органов, в частности, Китайского центра предотвращения и борьбы с заболеваниями (CDC, China Center for Disease and Control Prevention) в официальном еженедельнике, например, отчёте об исследовании устойчивости сальмонеллы от разных видов животных [6] .

3.4 Российская Федерация

В Российской Федерации централизованная система мониторинга антимикробной резистентности бактерий, выделяемых от животных, отсутствует. Однако существуют исследовательские группы, активно занимающиеся накоплением данных в этой области.

Между тем, различные учреждения, связанные с ветеринарией и медициной, активно проводят соответствующие исследования.

ФГБУ «ВГНКИ» (Всероссийский государственный центр качества и стандартизации лекарственных средств для животных и кормов, г. Москва), являющийся одним из научных институтов Россельхознадзора (Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору) исследует устойчивость E. coli, Enterococcus spp., Salmonella spp., Campylobacter spp., Staphylococcus spp., Listeria monocytogenes. Бактерии выделяют от птицы (куры, индейки, утки, гуси), коров, свиней, овец и коз. Географический охват исследований составляет 33 региона РФ от Калининградской области до Приморского края. В программу входит 31 антибактериальный препарат из 16 классов. Результаты исследований ФГБУ «ВГНКИ» представлены в свободном доступе в виде открытого проекта на платформе AMRcloud [7] . Также учреждение публикует соответствующие научные статьи.

ФГБУ «ВНИИЗЖ» (Федеральный центр охраны здоровья животных, г. Владимир) является одним из научных институтов Россельхознадзора, проводит исследования антибиотикорезистентности зоонозных бактерий, выделяемых из пищевого сырья и продукции животного происхождения, в частности, Salmonella spp. и Listeria spp. Результаты исследования учреждение публикует, в частности, в собственном журнале открытого доступа «Ветеринария сегодня» [8] .

В 2014 г. ФГБУ «ЦНМВЛ» (Центральная научно-методическая ветеринарная лаборатория) выпустила отчёт «Анализ эпидемиологической ситуации с сальмонеллой в Российской Федерации» с данными по Salmonella spp., полученными от крупного рогатого скота (КРС), свиней, кур, овец, лошадей, пчёл и других животных. Несколько десятков тысяч изолятов были проанализированы региональными ветеринарными лабораториями. К сожалению, при всей масштабности исследований, в отчёте не были указаны использованные критерии интерпретации, что затрудняет анализ полученных сведений и является иллюстрацией необходимости гармонизации подходов к исследованиям антибиотикорезистентности.

Роспотребнадзор (Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека) проводит исследования антибиотикорезистентности зоонозных бактерий, в частности сальмонелл, выделенных от людей, из продуктов питания и внешних объектов. Результаты исследования организация публикует в государственных докладах. Последний на текущий момент доклад вышел в 2022 г. и содержит данные за 2021 г. Доклад выложен в свободном доступе на официальном сайте ведомства [9] .

Несмотря на то что исследования антибиотикорезистентности бактерий, выделяемых от зоонозных и комменсальных животных, проводят и другие научные учреждения, связанные с ветеринарной и медицинской сферами, в РФ статьи и отчёты, посвящённые соответствующим исследованиям, выходят в достаточно малом количестве.

Отечественные и зарубежные публикации и отчёты с данными об антибиотикорезистентности могут быть легко найдены через поисковые системы (Google, Яндекс, Pubmed и elibrary.ru).

В таблице 1 представлена подборка исследований антибиотикорезистентности E. coli, Enterococcus spp., Salmonella spp., Staphylococcus spp., Listeria spp., Campylobacter spp. и Streptococcus spp. выделенных от животных и из продуктов питания. Подборка даёт представление о характере проведения подобных исследований в России. Исследования бактерий от животных с клиническими признаками заболеваний не были включены.

Таблица 1. Отечественные публикации, посвящённые антибиотикорезистентности зоонозных бактерий, выделенныхот животных и из продуктов питания

Микроорганизм Источник Учреждение Публикация
E. coli Продуктивные животные Всероссийский государствен- ный центр качества и стан- дартизации лекарственных средств для животных и кор- мов (ФГБУ «ВГНКИ») Makarov D.A., Ivanova O.E., Karabanov S.Y. et al. Antimicrobial resistance of commensal Escherichia coli from food-producing animals in Russia. Veterinary World, 2020, №13 (10), pp. 2053–2061.
E. coli Продуктивные животные Уральский федеральный аграрный научно-исследова- тельский центр УрО РАН Безбородова Н.А, Соколова О.В, Кривоногова А.С. и др. Фенотипическая и гено- типическая антибиотикорезистентность бактерий семейства Enterobacteriaceae, выделенных в сель- скохозяйственных предприятиях уральского ре- гиона. Труды кубанского государственного аграр- ного университета, 2021, №92, с. 201–210.
Enterococcus faecalis и Enterococcus faecium Продуктивные животные ФГБУ «ВГНКИ» Makarov D.A, Ivanova OE, Pomazkova AV et al. Antimicrobial resistance of commensal Enterococcus faecalis and Enterococcus faecium from food- producing animals in Russia. Veterinary World, 2022, №15 (3), pp. 611–621.
E. coli, Salmo­ nella spp., Entero­ coccus faecalis, Enterococcus faecium Пищевая продукция Федеральный исследователь- ский центр питания, био- технологии и безопасности пищи Короткевич Ю.В. Изучение антибиотикоре- зистентности микроорганизмов, выделенных из пищевых продуктов. Вопросы питания, 2016, Том 85, №S2 (85), c. 142.
E. coli, Enterococcus spp. Пищевая продукция Российский биотехнологический университет Федеральный исследовательский центр питания, биотехнологии и безопасности пищи Сибиркина М.М, Нитяга И.М., Смотрина Ю.В. Оценка частоты и спектра антибиотикорезистентности у E. coli и Enterococcus spp., выделенных из пищевой продукции. Российский журнал проблемы ветеринарной санитарии, гигиены и экологии? 2019, №3 (43), c. 299–304.
Enterococcus spp., Streptococcus spp. Птица Московская государственная академия ветеринарной медицины и биотехнологии — МВА им. К.И. Скрябина Литвинов О.Б., Брылина В.Е., Садовая Е.Е. и др. Видовая идентификация и антибиотикорезистентность бактерий рода Streptococcus spp. и Enterococcus spp., выделенных от сельскохозяйственной птицы. Актуальные проблемы ветеринарной медицины, зоотехнии, биотехнологии и экспертизы сырья и продуктов животного происхождения. Сборник трудов научно-практической конференции. Под общей редакцией С.В. Позябина, Л.А. Гнездиловой. Москва, 2022, с. 302–304.
Enterococcus spp. Птица ФБУН «Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии» Светоч Э.А., Теймуразов М.Г., Тазина О.И. Антибиотикорезистентность культур Enterococcus spp., выделенных от промышленной пти- цы в 2013–2016 гг. в хозяйствах Российской Федерации, и детекция у них генов резистентности к ванкомицину. Альманах клинической медицины, 2017, №45 (2), с. 138–146.
Enterococcus spp. Птица ФГБОУ ВО Оренбургский государственный аграрный университет Кочкина Е.Е., Дымова В.В., Абоимова А.А. и др. Устойчивость к антибактериальным препара- там энтерококков, выделенных из микробио- ты кишечника цыплят-бройлеров: фенотипиче- ская характеристика и генетический контроль. Современные тенденции развития ветеринарной науки и практики. Материалы Национальной (Всероссийской) научно-практической конфе- ренции. Омск, 2021, с. 311–317.
Salmonella spp. Пищевая продукция ФГБУ Федеральный центр охраны здоровья животных Шмайхель С.Е., Шадрова Н.Б., Ерофеева Е.С. и др. Серологические свойства и антибиотикоре- зистентность изолятов бактерий рода Salmonella, выделенных из сырья животного происхождения. Ветеринария сегодня, 2019, №4, с. 25–30.
Salmonella spp. Пищевая продукция ФГБУ Федеральный центр охраны здоровья животных Шадрова Н.Б., Прунтова О.В., Корчагина Е.А. Антибиотикорезистентность изолятов сальмонелл, выделенных из продуктов животного происхождения. Ветеринария сегодня, 2022, №11 (1), с. 27–34.
Salmonella spp. Пищевая продукция ФГБУ Федеральный центр охраны здоровья животных Скитович Г.С., Шадрова Н.Б., Прунтова О.В. и др. Идентификация и антибиотикорезистентность изолятов бактерий рода Salmonella. Ветеринария сегодня, 2018, №4, с. 3–11.
Salmonella spp. Пищевая продукция ФГБУ Федеральный центр охраны здоровья животных Skitovich G., Serova K., Korchagina. Antimicrobial resistance Salmonella isolates recovered from food products of animal origin in the Russian Federation. Access Microbiology, № 2 (7А).
Salmonella spp. Продуктивные животные и пищевая продукция ФГБОУ ВО Санкт-Петербургский государственный университет ветеринарной медицины Кузнецова Н.А., Соловьева А.С., Раков А.В. Чувствительность к антибиотикам у штаммов Salmonella. Здоровье. Медицинская экология. Наука, 2018, №3 (75), с. 50–58.
Salmonella spp. Пищевая продукция ФГБОУ ВО Владимирский государственный университет им. А.Г. и Н.Г. Столетовых Ручнова О.И., Куркина Е.С. Биологические свойства изолятов бактерий рода Salmonella. Евразийский Союз Ученых, 2016, №30–1, с. 11–14.
Salmonella spp. Продуктивные животные и пищевая продукция ФГБУ «ВНИИЗЖ» ФГБОУ «Московская государственная академия ветеринарной медицины и биотехнологии — МВА им. К.И. Скрябина» Виткова О.Н., Иванова О.Е., Базарбаев С.Б. и др. Изучение антибитикорезистентности сальмонелл, выделенных от животных и из пищевых продуктов животного происхождения на территории Российской Федерации. Ветеринария Кубани, 2015, №2, с. 11–15.
Salmonella spp. Пищевая продукция Институт биоинженерии им. К.Г. Скрябина, ФНЦ пищевых систем им. В.М. Горбатова, Федеральный исследовательский центр вирусологии и микробиологии, Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф. Гамалеи Rakitin A.L., Yushina Y.K., Zaiko E.V. et al. Evaluation of Antibiotic Resistance of Salmonella Serotypes and Whole-Genome Sequencing of Multiresistant Strains Isolated from Food Products in Russia. Antibiotics (Basel), 2021, №11 (1), pp. 1–20.
Сampylobacter jejuni Пищевая продукция Федеральный исследовательский центр питания, биотехнологии и безопасности пищи Ефимочкина Н.Р., Короткевич Ю.В., Стецен- ко В.В. и др. Антибиотикорезистентность штаммов Campylobacter jejuni, выделенных из пищевых продуктов. Вопросы питания, 2017, № 1 (86), с. 17–27.
Сampylobacter jejuni Продукция птицеводства Санкт-Петербургский госу- дарственный университет ве- теринарной медицины Федеральный научный центр — Всероссийский науч- но-исследовательский инсти- тут экспериментальной вете- ринарии им. К.И. Скрябина и Я.Р. Коваленко РАН Смирнова Л.И., Макавчик С.А., Сухинин А.А. Чувствительность к антибактериальным препа- ратам Сampylobacter jejuni, выделенных из птице- продуктов. Ветеринария и кормление, 2021, №6, с. 53–56.
Campylobacter jejuni, Campylobacter coli и др. Пищевая продукция ФИЦ Питания и биотехнологии Стеценко В.В. Видовая структура и характери- стика биопрофилей возбудителей пищевого кампилобактериоза, выделенных из пищевой продукции и объектов окружающей среды. Вопросы питания, 2016, №S2 (85), c. 244–245.
Listeria monocytogenes Пищевая продукция ФГБУ «ВНИИЗЖ» Скитович Г.С., Серова К.В., Шадрова Н.Б., Прунтова О.В. Антибиотикочувствительность листерий, выделенных из пищевых продуктов. Ветеринария сегодня, 2017, № 2, с. 13–16.
Staphylococcus aureus Молоко и молочная продукция ФГБУ «ВНИИЗЖ» Бородкина И.В. Биологические свойства изоля- тов Staphylococcus aureus, выделенных из молока и молочной продукции, произведенных на территории республики Крым. Ветеринария сегодня, 2019, № 4, с. 13–18.
Staphylococcus aureus Молоко ФГБНУ Всероссийский НИИ животноводства им. академи- ка Л.К. Эрнста Артемьева О.А., Никанова Д.А., Котковская Е.Н., Гладырь Е.А., Доцев А.В., Зиновьева Н.А. Антибиотикорезистентность штаммов Staphylococcus aureus, выделенных из молока вы- сокопродуктивных коров. Agricultural Biology, 2016, №6.
Staphylococcus aureus Продуктивные животные ФГБОУ ВО «Санкт- Петербургский государ- ственный университет ве- теринарной медицины», ФГБУ «Ленинградская Межобластная ветеринарная лаборатория» Макавчик С.А., Кротова А.Л. Антибиотикорезистентность микроорганизмов Staphylococcus aureus, изолированных от живот- ных. международный вестник ветеринарии, 2021, № 3, с. 103–107.
Staphylococcus spp, E. coli, Enterococcus spp., Salmonella spp., Streptococcus spp. Продуктивные животные Омский государственный аграрный университет им. П.А. Столыпина Ручко Е.Н., Лещева Н.А., Плешакова В.И. Антибиотикорезистентность микроорганизмов рода Staphylococcus, выделенных от животных Омской области. Вестник КрасГАУ, 2022, №8 (185).
Listeria monocytogenes Продуктивные животные, пищевая продукция Федеральный центр вирусологии и микробиологии, Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф. Гамалеи, ФНЦ пищевых систем им. В.М. Горбатова» Andriyanov PA, Zhurilov PA, Liskova EA, Karpova TI, Sokolova EV, Yushina YK, Zaiko EV, Batae- va DS, Voronina OL, Psareva EK, Tartakovsky IS, Kolbasov DV, Ermolaeva SA. Antimicrobial Resistance of Listeria monocytogenes Strains Isolated from Humans, Animals, and Food Products in Russia in 1950–1980, 2000–2005, and 2018–2021. Antibiotics (Basel), 2021, №10 (10), p. 1206.