4.5 Планирование отбора образцов

При оптимальном варианте программа исследований антибиотикорезистентности охватывает до 80% поголовья животных в исследуемой стране/регионе. Отбор образцов должен быть репрезентативным и случайным. При этом может учитывать ожидаемые уровни устойчивости (т.е. доли устойчивых изолятов) и требуемую статистическую значимость.

Приложение 1 Руководства ФАО [12] содержит формулу для расчёта необходимого количества изолятов:

Если величина ожидаемой распространённости неизвестна, то её, как правило, берут равной 50%, поскольку при этом потребуется анализ максимального количества изолятов. В этом случае при 95% доверительной интервале и прогрешности в 5% требуемое количество образцов будет равным:

Для расчёта требуемого количества изолятов могут быть использованы специальные программы, доступные в интернете:

Данные программы позволяют также выбирать значение параметра поголовья животных.

Указанная методика расчёта количества изолятов необходима только для широкомасштабных исследований, на уровне всей страны или, как минимум, региона. В отчётах и научных публикациях не встречалось упоминаний о её применении.

В целом, при определении количества изолятов в исследованиях устойчивости любого масштаба следует руководствоваться принципом, изложенных в разделе 6.8.4. Кодекса здоровья наземных животных МЭБ «Количество образцов должно быть достаточно большим для обнаружения либо выявления уровней или трендов имеющейся или прогнозируемой фенотипической устойчивости».

При определении количества образцов необходимо учесть вероятность выделения из образца изолята требуемой бактерии. Например, для E. coli он гипотетически может быть близок к 100%, для E. faecalis и E. faecium — 80%, Salmonella spp. — 40%, Campylobacter spp. — 10%. На кампилобактерии в этом плане следует обратить особое внимание, т.к. вероятность их выделения из образца относительно невысока. Таким образом, планируемое количество проб следует скорректировать на вероятность получения из них изолятов.

При отборе образцов все доступные места следует разделить на эпидемиологические единицы. Считается, что профиль устойчивости бактерий одного вида (энтерококки, кампилобактерии и E. coli) или одного серовара (Salmonella spp.), выделенных из образцов, отобранных в одной и той же эпидемиологической единице, будет в значительной степени схожим, поскольку животные находятся в одинаковых условиях, в том числе в аспекте применения антибиотиков. Для свиней на откорме и КРС эпидемиологической единицей является всё стадо в хозяйстве.

Для цыплят-бройлеров — изолированное поголовье, т.е. птица, выращиваемая в одних и тех же условиях, в одном и том же помещении. В крупных птицеводческих хозяйствах эпидемиологической единицей можно считать цех.

При проведении масштабных исследований, включающих в себя большое количество хозяйств (начиная от нескольких десятков), количество изолятов из одной эпидемиологической единицы необходимо минимизировать, в идеале оно должно быть равным 1. Значительное количество изолятов из одного хозяйства может привести к противоречивым результатам и запутать исследователей. Таким образом, предпочтительнее выделить меньше изолятов из большего количества хозяйств, чем наоборот. Если планируются исследования на постоянной основе, т.е. мониторинг, то для изучения временной динамики антибиотикорезистентности образцы из одной и той же эпидемиологической единицы следует отбирать раз в год, при этом желательно, чтобы месяц отбора проб каждый год совпадал. Рекомендации по планированию отбора образцов резюмированы в таблице 8.

Таблица 8. Рекомендации по месту отбора проб и типам образца из Руководства ФАО

Параметр Рекомендация
Планируемое количество образцов Количество проб должно быть достаточным для выявления уровней и трендов устойчивости. При масштабных исследованиях возможно использование формул для расчёта образцов, учитывающих ожидаемый уровень устойчивости, необходимую погрешность и доверительный интервал.
Вероятность выделения изолята из пробы Количество образцов необходимо скорректировать с учётом данного показателя. Низкая вероятность выделения изолята из образца требует отбора большего количества образцов, что особенно актуально для кампилобактерий.
Количество изолятов из одного хозяйства Общее правило — больше хозяйств, меньше изолятов из одного хозяйства. В идеале, в птицеводческих хозяйствах следует отбирать количество образцов, необходимое для выделения одного изолята на каждый цех птицеводческого хозяйства. Для свиноводческих предприятий и предприятий по выращиванию КРС — количество образцов, необходимое для получения одного изолята на хозяйство.
Отбор образцов при мониторинге, для изучения временных трендов Необходимо отбирать образцы в одной и той же эпидемиологической единице один раз в год, желательно в один и тот же месяц.
Изменено 15 января 2024